室间隔缺损的临床表现决定于缺损的大小。小型缺损，即所谓Roger病，多发生于室间隔肌部，可无明显症状，仅活动后稍感疲乏，生长发育一般不受影响。体检于胸骨左缘第三四肋间听到响亮粗糙的全收缩期杂音，肺动脉第二音稍增强。
缺损较大时左向右分流多，体循环流量则减少，影响生长发育。患儿多消瘦、乏力、气短、多汗，易患肺部感染。易导致心力衰竭。有时因扩张的肺动脉压迫喉返神经，引起声音嘶哑。体检心界增大，心尖搏动弥散，胸骨左缘第三、四肋间可闻及Ⅲ一Ⅳ级粗糙的全收缩期杂音，向四周广泛传导，可于杂音最响部触及收缩期震颤。干下型合并主动脉瓣关闭不全时。于第二主动脉瓣区听到高音调舒张期杂音。
缺损很大且伴有明显肺动脉高压者（多见于儿童或青少年期），右心室压力亦显著升高，此时右心室肥大较显著，左向右分流减少。当出现言向左分流时，患儿呈现青紫，并逐渐加重，此时心脏杂音较轻而肺动脉第二音显著亢进。
室间隔缺损易并发支气管炎、充血性心力衰竭、肺水肿及亚急性细菌性心内膜炎。膜部和肌部的室间隔缺损均有自然闭合的可能（约占20%～50%），一般发生于5岁以下，尤其是1岁以内。干下型室间隔缺损未见自然闭合者，且容易发生主动脉瓣脱垂。
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